面对企业缺成本票、不想多交税又担心违规的困境，企业可以采取以下策略来合法合规地降低税负风险：

一、优化供应商管理与合同规范

1. 选择正规供应商：企业应优先选择能够提供正规发票的供应商进行合作，避免因选择低价但无法提供发票的供应商而导致成本票缺失。

2. 签订规范合同：在与供应商签订合同时，应明确约定开票类型、开票时间及违约责任，确保发票能够及时到位。这有助于保障企业的合法权益，避免因发票问题而引发的税务风险。

二、灵活运用替代凭证

1. 小额零星支出：对于小额零星支出，企业可以凭收款凭证、内部凭证（如付款记录、签收单）进行税前扣除。

2. 员工工资薪金：凭工资表、银行流水等资料列支成本，确保员工薪酬的合规性。

3. 农产品采购：在农产品采购过程中，企业可以凭收购发票或自开收购凭证进行抵扣。

4. 租赁支出：凭租赁合同、付款凭证等资料列支成本，确保租赁费用的合规性。

三、合理税务筹划

1. 核定征收：对于成本难以准确核算的企业，可以申请核定征收，以降低税负。但需注意，核定征收并非随意申请，需符合税务机关的相关规定。

2. 税收优惠政策：企业应充分了解并合理利用税收优惠政策，如小型微利企业可享受的优惠税率、研发费用加计扣除等。这有助于降低企业的税负，同时提高税务合规性。

3. 业务拆分：将部分业务拆分至有税收优惠的地区或适用低税率的主体，以优化整体税负。但需注意，业务拆分需符合商业逻辑和税务机关的认可，避免被视为避税行为。

四、加强内部管理

1. 规范发票管理：从采购到报销，全程规范发票管理，确保成本费用应列尽列。避免因发票管理不善而导致的税务风险。

2. 信息化工具应用：通过财务软件或进销存系统，实现发票电子化管理，降低发票丢失风险。同时，也有助于提高税务申报的准确性和效率。

五、定期税务健康检查

1. 聘请专业税务师：定期聘请专业税务师对企业进行税务健康检查，梳理企业税务风险，确保合规经营。

2. 关注税法变化：企业应密切关注税法变化，及时调整税务策略，以适应新的税务环境。

综上所述，企业缺成本票时，应通过优化供应商管理、灵活运用替代凭证、合理税务筹划、加强内部管理和定期税务健康检查等方式来降低税负风险。同时，企业应确保所有操作符合国家法律法规，避免因违规操作带来不必要的法律风险。

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