张家港公司注销时面临的查账问题主要涉及税务注销前的账务处理和可能的查账程序。以下是对这一问题的详细分析：

一、注销前的账务处理

1. 清理债权债务：

• 企业在注销清算时，应对应收账款进行仔细核查。对于确实无法收回的应收账款，需出具相关证明，并将其作为坏账损失在清算所得中进行扣除。对于能够收回的应收账款，企业需继续追收，并在收回后按照相关税收规定进行税务处理。

• 同时，企业还需核实应付账款，确保所有的债务都得到结算。

2. 存货处理：

• 企业在注销前需确保账面存货金额与实际库存相符。如存在货物已售出但财务未做销售处理的情况，应及时进行账务调整，并补缴相应的增值税。

• 对于注销后剩余的存货，企业可按照相关税收政策规定进行处理，如销售给关联公司或其他单位，并依法缴纳相应的税款。

3. 固定资产处理：

• 企业在注销前需对固定资产进行清查，并根据相关税收规定，对销售自己使用过的固定资产进行税务处理。

• 对于不能销售的固定资产，企业可按照相关税收政策进行报废或毁损处理，并将处理损失在清算所得中进行扣除。

4. 长期待摊费用处理：

• 企业在注销前需对长期待摊费用进行清理。对于尚未摊销完毕的费用，如装修费等，企业可根据相关税收规定，在注销前一次性摊销完毕，并在企业所得税清算时进行税前扣除。

5. 税务注销申报：

• 企业在完成上述账务处理后，需按照相关税收法规的规定，自实际经营终止之日起六十日内向税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。

• 在办理注销登记前，企业还需就其清算所得向税务机关申报并依法缴纳企业所得税。

二、可能的查账程序

1. 常规情况下：

• 如果企业在工商局及税局等单位的税费已清理完毕，相关证件等手续都已注销，那么通常不会再次对公司进行查账。

2. 例外情况：

• 如果公司涉及税款重大案件或存在其他需要深入调查的问题，相关部门可能会对公司进行查账。

• 此外，在公司注销的过程中或注销后的一段时间内（如领取清税证明和税务领取通知书之后的20天内），相关部门也可能会对公司进行查账。

三、注意事项

• 确保账务准确性：在注销前，企业应确保所有账务都准确无误，避免出现漏报、错报等情况。

• 完善相关手续：及时办理税务注销、工商注销等相关手续，确保注销程序的合法性和合规性。

• 配合查账工作：如果相关部门要求进行查账，企业应积极配合，提供必要的账务资料和说明。

综上所述，张家港公司注销时面临的查账问题主要涉及注销前的账务处理和可能的查账程序。企业应严格按照相关税收政策和法规进行账务处理，确保合法合规地完成注销程序。同时，也需做好应对查账的准备，确保在必要时能够配合相关部门的工作。